La Fundación Escuela Francesa, es un organismo sin fines de lucro que dirige el correcto funcionamiento administrativo de dos Unidades Educativas que conforman lo que conocemos como la Escuela Francesa de Cuenca EFC: La Unidad Escolar Joseph de Jussieu y la Unidad Secundaria Louis Godin.
La Fundación trabaja para crear y estrechar vínculos de cultura, amistad, simpatía entre Ecuador y Francia y así generar espacios de cooperación cultural y educativa y, la EFC funciona de manera autónoma en el trabajo específico del currículo y desarrollo pedagógico, pero siempre bajo los lineamientos de los ministerios de educación de Francia y Ecuador.
La Escuela Francesa y su administración interna se encarga de los temas pedagógicos y educativos y por ello es parte de la red AEFE, la Agencia de la Enseñanza Francesa en el Extranjero, conformada por más de 300 instituciones a nivel global. Por este motivo, de manera frecuente se reciben visitas de seguimiento, evaluación y refuerzo del modelo pedagógico orientado a mantener y ampliar la homologación del currículo y mantener el sistema de doble titulación.
En la actualidad la Fundación, con la administración están aplicando un programa de sostenibilidad de la EFC con un enfoque que garantice la educación de calidad y también permita que el sueño institucional perdure en el tiempo, se vienen muy buenas noticias y grandes alcances de la gestión.